于临床试验部分，由于同一基因不同点位缺陷可能影响基因疗法的疗效与安全性，在设计试验时可考量是否有针对该基因之临床可行定序方法或同步开发可靠之定序方式，以提供未来试验执行时评估疗效及安全性的重要参考变数。另外，某些存在于受试者体内针对特定蛋白之抗体也可能进一步影响基因疗法的疗效与安全性，因此在设计试验时可同步考量是否有针对该抗体之临床可行检测方法或同步发展可靠之检测方式，以提供未来试验执行时评估疗效及安全性的重要参考变数。试验受试者部分，考量基因疗法之疗效与副作用具有永久持续的特性，不得纳入健康受试者，且在首次人体临床试验时即需同时评估疗效与安全性。另受到罹病人数的限制，受试者本身疾病进程或特性可能存在差异，于试验设计时可纳入次族群分析或历史对照组等方式以减少对于受试者数量之需求。
在罕见疾病基因疗法开发过程中，常会受到罹病人数及疗法本身複杂性等因素影响，而有针对特殊因素额外考量之需求。US FDA于此提供了多种加速开发流程(如：regenerative medicine advanced therapy designation及breakthrough therapy designation)，开发厂商亦可多加利用。
