於臨床試驗部分，由於同一基因不同點位缺陷可能影響基因療法的療效與安全性，在設計試驗時可考量是否有針對該基因之臨床可行定序方法或同步開發可靠之定序方式，以提供未來試驗執行時評估療效及安全性的重要參考變數。另外，某些存在於受試者體內針對特定蛋白之抗體也可能進一步影響基因療法的療效與安全性，因此在設計試驗時可同步考量是否有針對該抗體之臨床可行檢測方法或同步發展可靠之檢測方式，以提供未來試驗執行時評估療效及安全性的重要參考變數。試驗受試者部分，考量基因療法之療效與副作用具有永久持續的特性，不得納入健康受試者，且在首次人體臨床試驗時即需同時評估療效與安全性。另受到罹病人數的限制，受試者本身疾病進程或特性可能存在差異，於試驗設計時可納入次族群分析或歷史對照組等方式以減少對於受試者數量之需求。
在罕見疾病基因療法開發過程中，常會受到罹病人數及療法本身複雜性等因素影響，而有針對特殊因素額外考量之需求。US FDA於此提供了多種加速開發流程 (如：regenerative medicine advanced therapy designation及breakthrough therapy designation)，開發廠商亦可多加利用。
延伸閱讀:
U.S. FDA. Human Gene Therapy for Rare Diseases – Guidance for Industry. Jan. 2020.